Персона 3: Новое начало

Когда Макото Юки приезжает в небольшой городок, то сразу видит, как в него проникло странное явление. Стали отключаться все виды коммуникаций и технологий, а люди оказались в гробах. Тогда Макото решает отправиться в общежитие, в котором встречает загадочного молодого парня. На следующий день Макото идет в старшую школу на второй курс, и вместе с ней будут обучаться Юкари и Дзюнпей.

Сюдзи, который является председателем правления школы, попросил Юкари заняться исследованием Макото на предмет сверхъестественных способностей, которые могут повлиять на потенциал персонажа. В это время Макото оказывается в так называемой «Бархатной Комнате», где знакомится с Элизабет и Игорем. Когда случается феномен полуночи, Акихико бежит обратно в общежитие, и в этот момент на него совершают покушение страшные существа.